中医科成立于1996年8月，谭行华任中医科负责人。建科以来，中医科积极开展中医药及中西医结合治疗肝病、艾滋病、登革热、新冠肺炎等重大及新突发传染病，形成鲜明专科特色。经过20多年的积累和发展，中医科已发展成为传染病预防、医疗、科研和教学于一体的临床一级科室。
科室目前专科医生17人，护理人员17人。2019年，门诊量约3万余人次/年，住院患者1000余人次/年。通过不断地实践和探索，中医科逐渐形成了多项具有中医特色的诊断和专业治疗技术。科室设有中西医结合肝病病房、中医感染科病房；中医内科门诊、肝病门诊、艾滋病门诊；中药房配置中药配方颗粒系统；配套设施包括：中医特色治疗室、中医随访中心、中医科研办公室及科研药房、数据库、标本库及网络信息化平台。
中医科始终坚持中西医结合、中西药并用，守正创新，积极参与SARS、DF、H7N9、登革热、艾滋病、病毒性肝炎等新发突发及重大传染病的救治工作，发挥重要作用。新冠疫情期间，中医科率先在全国建立了第一个、同时也是广东省唯一的中医隔离病区。积极研发“肺炎1号”（后改名为“透解祛瘟”颗粒），在减少致重率、改善临床症状方面具有良好的临床效果，成为广东省首个院内制剂，并在广东省11个定点医院、湖北省10多家医院及海外推广应用，产生了积极而广泛的社会影响。中医科通过不断地临床实践，摸索出一个多层次、多途径、中西结合、医护配合、临床与科研相互促进的中医药救治模式。
从2004年开始，中医科牵头广东省中医药治疗艾滋病项目，为国家首批试点项目之一，通过不断完善中医艾滋病救治体系建设、加强区域合作与培训等措施推动中医药治疗艾滋病工作的发展，目前累计接受中医药治疗的艾滋病患者人数达到近三千人，在调节艾滋病免疫功能、改善临床症状取得显著疗效。
中医科护理团队在李爱军护长的带领下，逐步形成具有中西医结合感染病特色护理模式，并开设中医护理专科门诊。各层级护士在临床护理、护理教学、护理科研、护理管理等领域发挥重要的作用。
在专科特色方面：秉承医护一体，按照中医护理重点专科建设项目的总体总求，凸显中医特色及优势，积极摸索开展中医护理新技术新疗法服务于广大感染病患者，在开展中药热奄包、艾灸、拔火罐、耳穴压豆、穴位注射、头部穴位按摩、中药外敷、腕踝针、皮内针的基础上，创新开展新型的中药灌肠技术、鼓胀患者的中药脐疗、腕踝针联合开天门、耳穴压豆联合皮内针、八段锦联合五音疗法、八段锦联合耳穴压豆等多项技术。逐步形成集临床、科研、创新一体化的高水平的护理专科。
